Qu'est-ce que c'est ?


MSQuant est un outil de protéomique quantitative / spectrométrie de masse et traite les spectres et les analyses LC pour trouver des informations quantitatives sur les protéines et les peptides. Bien qu'il soit automatisé, il permet également l'inspection et la modification manuelles.

L'objectif principal de MSQuant est de rendre possible la quantification des protéines et des peptides dans le domaine de la spectrométrie de masse/protéomique (science/chimie analytique/biologie moléculaire). Par exemple, une expérience où un échantillon lourdement marqué par des isotopes provenant de cellules traitées est comparé à des cellules non marquées et non traitées afin de donner des réponses quantitatives sur les processus cellulaires. L'entrée dans MSQuant est un fichier de résultat de recherche (HTML) du moteur de recherche Mascot (de Matrix Science) et un ou plusieurs fichiers de spectre brut.

MSQuant est écrit en .NET de Microsoft et ne peut donc fonctionner que sur les ordinateurs Windows sur lesquels le runtime .NET est installé. Le runtime est installé par défaut dans les versions ultérieures de Windows.

EN SAVOIR PLUS

Références


Ce programme a été directement mentionné dans l'article "A novel proteomic screen for peptide-protein interactions" (PDF) de Waltraud X. Schulze et Matthias Mann. 2003. Journal of Biological Chemistry (JBC). Résumé.

Il a également servi de base à l'article de Nature "Proteomic characterization of the human centrosome by protein correlation profiling" (PDF) par Jens S. Andersen, Christopher J. Wilkinson, Thibault Mayor, Peter Mortensen, Erich A. Nigg, Matthias Mann. 2003. Résumé. Texte intégral. Le 16 février 2004, cet article était numéro 4 dans le top 10 des articles les plus téléchargés de Nature.

Le SILAC est décrit à l'origine dans "Stable isotope labelling by amino acids in cell culture, SILAC, as a simple and accurate approach to expression proteomics". (texte intégral) par Ong SE, Blagoev B, Kratchmarova I, Kristensen DB, Steen H, Pandey A, Mann M. 2002. Résumé 1. Résumé 2.

Le SILAC est décrit plus en détail dans "Propriétés de l'arginine substituée au 13C dans le marquage des isotopes stables par les acides aminés en culture cellulaire (SILAC)". (texte complet NON disponible en ligne) par Ong SE, Kratchmarova I, Mann M. 2003. Résumé.

EN SAVOIR PLUS

Les spécificités


Scan des fichiers de résultats de Mascotte, y compris les modifications.

Confiance beaucoup plus grande dans l'identification des peptides grâce à la notation MS3. Quantification des échantillons marqués aux isotopes.

Les modes de quantification comprennent un triple encodage.

Modifications et modes de quantification définis par l'utilisateur. Prise en charge de la quantification SILAC.

Support de la quantification N15 (avec l'aide d'un logiciel supplémentaire).

Affichage visuel des profils LC. Calcul des rapports de quantification des protéines (avec estimation de l'écart type).

Corrélation des temps de rétention des LC sur plusieurs séries/fichiers de LC.

Auto-doc : documentation en une étape des spectres de fragments de peptides. Requis par exemple par le MCP (Molecular & Cellular Proteomics, publié par l'American Society for Biochemistry and Molecular Biology). Échantillon, version antérieure. Disponible ici. Exportation des résultats vers des fichiers, Open Office Calc, Excel et vers des bases de données.

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